Se dice que lo que bien empieza, bien acaba; los Rojinegros golearon tres por cero en su campo y consiguieron así sus primeros tres puntos del Apertura 2017. Las anotaciones de Juan Pablo Vigón, Matías Alustiza y Milton Caraglio protagonizaron un comienzo soñado para los Zorros en el torneo.

En el marco de la segunda jornada de la Liga Bancomer MX, los Rojinegros disputaron su primer encuentro en casa del Apertura 2017. En un intenso duelo entre Zorros y Pumas, Atlas sumó tres unidades más, tras imponerse dos goles por uno con anotaciones de Barreiro y Alustiza.

En la tercera jornada de la Liga Bancomer MX, Atlas no pudo sumar unidades en su visita al Estadio Nemesio Díez de Toluca, cayendo por marcador de tres goles por dos, en un cerrado encuentro que terminó por decantarse para los locales. Los Rojinegros que vulneraron el marco escarlata fueron Juan Pablo Vigón y Matías Alustiza.

La noche del 11 de Agosto, Atlas recibió al América en juego correspondiente a la fecha 4 donde los locales cayeron tras perder uno a cero.

El 15 de Agosto el club cumplió 101 años de historia.

La jornada 5 se jugaría en el Azul. La Academia se enfrentó a Cruz Azul en calidad de visitante. El duelo realizado en el Estadio Azul finalizó con resultado adverso, dos goles por uno.

Para la jornada 6, Atlas recibió a los recién ascendidos Lobos que prometían mucho en un inicio de torneo, el juego arrojó un empate a uno entre Atlas y Lobos BUAP. Por los Zorros anotó Daniel Arreola.

La noche del 26 de agosto,  Atlas cayó en su visita al Estadio Victoria con marcador de dos goles por uno ante Necaxa. El juego fue válido por la séptima fecha de la Liga Bancomer MX, y por los nuestros anotó Facundo Erpen.

Se venía la jornada 8 contra Tigres y la noche del 8 de septiembre Atlas y Tigres no pudieron jugar tras estar muy baja la pantalla, juego que fue reprogramado.

Los Zorros visitaron el Estadio BBVA Bancomer, en el que enfrentaron a Monterrey en el duelo correspondiente a la jornada 9. En su visita al conjunto del norte, La Academia no pudo sumar unidades tras caer dos goles por uno.

Para la jornada 11 Atlas visitaba a Puebla, misma que trajo consigo buenos resultados para los rojinegros. Con anotaciones de Juan Pablo Vigón y Matías Alustiza, La Academia regresó con la victoria dos goles por uno.

Atlas y Veracruz se enfrentaron en el marco de la jornada 12. Con un par de goles de Milton Caraglio, La Academia se impuso dos goles por cero para sumar tres puntos más en la competencia.

Una gran jugada de los Zorros, culminada con maestría por Garnica, le dio el triunfo a La Academia sobre los Guerreros de Santos uno por cero en Torreón, en partido válido por la décimo tercera fecha.

Los Rojinegros se midieron ante Monarcas Morelia en duelo pendiente por la jornada 10. El conjunto de Atlas no pudo sumar unidades al caer un gol por cero.

Atlas consiguió una importante victoria en casa frente a Tijuana. Con gol de Milton Caraglio, los Rojinegros se impusieron un gol por cero ante Xolos en el marco de la jornada 14.

La jornada 15 del Apertura 2017 de la Liga Bancomer MX enmarcó un empate a dos goles entre Atlas y Gallos Blancos, los Zorros llegaron a 20 puntos en el torneo con este resultado. Ravel Morrison y Ulises Cardona se estrenaron como goleadores en este partido.

El partido pendiente por la jornada 8 contra Tigres tuvo cabida el 1 de noviembre, dicho juego arrojó el empate a uno. Milton Caraglio fue el anotador por parte de los Rojinegros.

Los Zorros consiguieron tres puntos importantes en calidad de visitante, tras imponerse dos goles por uno en el Clásico Tapatío, mismo que se disputó en el marco de la jornada 16.

Este 17 de Noviembre Atlas puso en riesgo su pase a la liguilla misma que lograron concretar un día después tras la derrota de Necaxa ante Morelia, la Academia empató su último juego de fase regular a un tanto.

Atlas enfrentará a Monterrey en cuartos de final, los Rayados fueron todo el torneo primer lugar siendo el club más goleador y la mejor defensa.